El Museo cuenta en la actualidad con seis salas de Exposición Permanente. Las cuales permiten hacer un recorrido desde la época Prehispánica, con algunos ejemplos de pintura mural, vasijas y códices precolombinos, que se pintaron sobre piel de venado, con pigmentos naturales disueltos al agua como antecedente de la pintura al agua en Hispanoamérica.